เมื่อวันที่ 17 ตุลาคม 2559  เวลา 15.52 น. สถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงมะนิลา ได้จัดพิธีถวายความอาลัยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ณ สถานเอกอัครราชทูตฯ โดยมีผู้เข้าร่วมประมาณ 100 คน ประกอบด้วยเอกอัครราชทูตฯ และภริยา ข้าราชการสถานเอกอัครราชทูตฯ หัวหน้าสำนักงานในต่างประเทศ และสมาชิกทีมประเทศไทย พร้อมครอบครัว ผู้บริหารโรงแรมดุสิตธานี มะนิลา ผู้แทนองค์กรวัฒนธรรมฟิลิปปินส์- ไทย (The Philippine – Thai Cultural Organization) ผู้แทนสมาคมศิษย์เก่าสถาบันเทคโนโลยีแห่งเอเชีย (AIT Alumni Association) และคนไทยในฟิลิปปินส์ ในการนี้ เอกอัครราชทูตฯ  ได้นำผู้เข้าร่วมพิธียืนสงบนิ่งเป็นเวลา 9 นาทีเพื่อถวายความอาลัยแด่พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ และลงนามถวายความอาลัยตามลำดับ

สถานเอกอัครราชทูตฯ ได้เปิดให้คนไทยลงนามถวายความอาลัยที่สถานเอกอัครราชทูตฯ ตั้งแต่วันศุกร์ที่ 14 ตุลาคม 2559  ส่วนวันจันทร์ที่ 17 ตุลาคม 2559 เป็นวันแรกที่เปิดให้ผู้แทนหน่วยงานของรัฐบาลฟิลิปปินส์ คณะทูตานุทูต และบุคคลทั่วไปได้ลงนามถวายความอาลัย